La Chiesa, in origine, era parte di un omonimo monastero, fondato tra il VII ed il IX secolo.
Al monastero era collegato l’imponente acquedotto, le cui tracce più evidenti sono visibili in via Arce.
Distrutto nel 884, durante una scorreria dei saraceni, il monastero fu ricostruito dall’Abate Angelario ed in poco tempo diventò punto di riferimento per il mondo religioso dell’Italia Meridionale.
L’interno fu esemplato sui modelli romani a pianta basilicale. E’ diviso in tre navate sparate da due file di colonne e pilastri raccordati da arcate a tutto sesto. Al di sopra corre un ordine di monofore con cornice in tufo policromo. La facciata presenta un pronao a tre archi su colonne di spoglio e, a sinistra, sono visibili i resti dell’antico campanile.
L’ingresso alla chiesa era preceduto originariamente da un quadriportico distrutto quando fu creata la via San Benedetto, ma di cui si scorge ancora parte del lato meridionale all’interno del Museo provinciale e parte del lato orientale, davanti all’ingresso.
Dopo la soppressione del monastero nel 1807, la chiesa fu utilizzata come teatro.
Riadibita ad uso liturgico, nel 1857 fu elevata a parrocchia col titolo di SS: Crocifisso, in ricordo della tavola (oggi custodita al museo diocesano) raffigurante il Cristo che, secondo la leggenda aveva reclinato il capo di fronte al pentimento del mago Pietro Barliario.
Dal ricordo del miracolo trae origine la Fiera del Crocifisso.
In parte del monastero è oggi allocato il Circolo Unificato di presidio Militare.
