Il maggior titolo di vanto per Salerno è affidato alla sua celebre Scuola Medica, un'istituzione che, pur tra alti e bassi, ha funzionato per oltre un millennio, dall'alto Medioevo al 1812 e ha diffuso nel mondo il nome e il prestigio della città, quale Hippocratica Urbs che per prima praticò e poi teorizzò una medicina libera dall'influenza degli astri.
La leggenda attribuisce la fondazione della Scuola a quattro maestri: l'ebreo Helinus, il greco Pontus, l'arabo Adela ed il latino Salernus. L'ars medica salernitana nasce infatti dal confluire di queste quattro culture che a Salerno, nel cuore del Mediterraneo, trovarono il loro punto nodale.
Le prime testimonianze storiche dell'attività della scuola risalgono al X secolo. Alfano I, arcivescovo di Salerno dal 1058 al 1085, medico insigne, oltre che poeta e filosofo, scrisse della sua città: Tum medicinali tantum florebat in arte, posset ut hic nullus languor hobere locum: "Allora Salerno era così fiorente nell'arte medica che nessuna malattia poteva in essa trovar posto".
Se per mancanza di adeguata documentazione, è difficile accertare l'epoca di fondazione della Scuola o delle scuole, non si può dubitare che nei secoli X-XI i medici di Salerno godessero di grande fama anche fuori dall'Italia.
Nella cultura medica salernitana, insolitamente per il panorama culturale del tempo, ebbero un posto di rilievo anche le donne. Il personaggio più famoso, e a tratti anche leggendario, è Trotula, ostetrica e levatrice, alla quale si attribuisce un trattato di ginecologia e ostetricia.
Il primo documento in cui la Scuola è citata come organizzazione istituzionalizzata è contenuto nelle costituzioni di Federico II, pubblicate a Melfi nel 1231, in cui si dichiarava: … in futuro nessuno osi assumere il titolo di medico ed esercitare la professione medica se non supera l'esame della scuola pubblica di medicina dei maestri di Salerno e dispone di attestati scritti di fiducia e di perizia rilasciati da detti maestri… Questo perché i maestri di Salerno venivano da sapienze lontane, erano depositari di tradizioni antiche, avevano collegato la loro arte agli esemplari metodi dell'antico.
Il grande rinnovamento culturale, legato al fenomeno del monachesimo benedettino, che ebbe a Montecassino il suo centro propulsore e a Salerno la più alta espressione nell'Abbazia di San Benedetto, esercitò un ruolo importante, nell'evoluzione degli studi scientifici e della prassi medica. Particolare rilievo assume in questo contesto la figura di Costantino l'Africano che, nei dieci anni di permanenza tra Salerno e Montecassino, svolse un'intensissima attività di traduzione dal greco, dall'ebraico e dall'arabo, arricchendo la cultura cassinese-salernitana delle conoscenze della medicina e della scienza araba in generale. Anche se a fondamento dell'insegnamento della Scuola medica restano le dottrine del Corpus Hippocraticum e le trattazioni mediche di Claudio Galeno.
Il primo statuto della Scuola risale al 1280, mentre la prerogativa regia del conferimento delle lauree decadde solo nel 1442 quando Alfonso d'Aragona autorizzò la creazione del Collegium doctorum, una struttura corporativa dei dottori di Salerno corrispondente all'attuale Ordine dei Medici, con il diritto di conferire lauree in medicina.
La Scuola continuò la sua attività con alterne vicende fino al 1811, quando, con la riorganizzazione dell'istruzione pubblica del regno, Gioacchino Murat la soppresse, sanzionando giuridicamente una situazione di fatto preesistente: pur continuando il Collegio medico di Salerno a compilare e distribuire diplomi, la funzione culturale e scientifica della scuola era ormai da tempo praticamente cessata.
Una tradizione orale riporta che Roberto, duca di Normandia, tornando dalla prima Crociata si fermò a Salerno perché una freccia avvelenata gli aveva provocato una grave ferita al braccio destro ed era necessario fermare rapidamente il diffondersi dell'infezione. I medici della Scuola Medica Salernitana stabilirono che qualcuno, disposto a morire eroicamente al posto del duca normanno, avrebbe dovuto succhiare il veleno al più presto. Roberto con animo nobile rifiutò, non volendo che qualcuno morisse al suo posto; ma di notte, mentre egli dormiva, la moglie Sibilla, figlia del Conte di Conversano, gli succhiò il veleno dal braccio e, sacrificando la propria vita, lo salvò. Negli stessi giorni, in Inghilterra, moriva il re Guglielmo, fratello di Roberto: questi, informato del fatto, decise di partire da Salerno per andare ad occupare il trono che gli spettava. Salutò, dunque, i medici della Scuola Medica Salernitana, e chiese loro un vademecum, un manualetto con i principi essenziali dell'arte medica salernitana. Al Re di Inghilterra fu così dedicato il "Regimen Sanitatis Salernitanum" (Regola Sanitaria Salernitana) Il "Regimen Sanitatis", che nel corso dei secoli ha avuto titoli diversi ("Medicina Salernitana", "De conservanda bona valetudine", "Flos medicinae Scholae Salerni") è il documento letterario fondamentale della Scuola Medica Salernitana. Al nucleo originario, poco più di trecento versi raccolti e commentati nel XIII sec. da Arnoldo di Villanova, furono aggiunti via via numerosi altri aforismi attribuiti, a torto o a ragione, alla Scuola Medica Salernitana.
Nel laboratorio della scuola medica salernitana trovano spazio lunghi e precisi cataloghi di erbe e piante, anche se il primo nucleo del Regimen Sanitatis assegna a soli 18 "semplici" il benefico primato della cura: Malva, menta, salvia, ruta, cipolla, senape, viola, ortica, issopo, cherefolio, ènula, pulegio, nasturzio, celidonia, salice,croco, porro, pepe nero. Per "semplice" si intende la parte di pianta che ha potere curativo. I "semplici" per eccellenza della letteratura medica salernitana sono i medicamenti che, nati dalla semplicità della natura, curano affezioni e proteggono la salute.
Oggi, l'antica chiesa di San Gregorio conserva il primo nucleo del Museo Didattico della Scuola Medica Salernitana. In esso è documentata e illustrata l'attività della scuola nei secoli XI-XII-XIII, che ne rappresentano il periodo di maggiore splendore. Quello stesso periodo che rese Salerno un riferimento e un laboratorio internazionale di cultura, di traduzione e circolazione di libri e di conoscenze mediche che si è poi tradotto in storia determinante per la medicina europea di almeno 4 secoli successivi.